Die reguläre Spielzeit endete 1:1, nachdem Schalke in Überzahl in der 87. Minute den Ausgleich kassiert hatte. Nach dem frühen Führungstreffer durch Huntelaar (8.) und der Roten Karte gegen Marek Bakos (60.) wegen einer Tätlichkeit hatte der DFB-Pokal-Sieger schon wie der sichere Gewinner ausgesehen, doch Frantisek Rajtoral hielt die Gäste mit seinem Tor im Spiel. Wegen Huntelaars Trefferen 32 und 33 im 34. Saisonspiel (106./120.+1) nahm das Nervenspiel für die Schalker, die vor dem Bundesliga-Schlager am Sonntag bei Bayern München viel Kraft ließen, doch noch ein gutes Ende.
Im Achtelfinale wartet auf den Champions-League-Halbfinalisten des Vorjahres am 8. und 15. März ein "Derby" gegen die Niederländer von Twente Enschede: Beide Städte trennen gerade mal 80 Kilometer Luftlinie.
Bereits mit ihrer ersten Chance kamen die Schalker zum Führungstreffer. Pilsens Torhüter Marek Cech klatschte einen 20-m-Schuss von Youngster Julian Draxler vor die Füße von Huntelaar ab, der eiskalt aus kurzer Distanz verwandelte. Vom tschechischen Meister, der sich als Gruppendritter hinter dem FC Barcelona und dem AC Mailand aus der Champions League verabschiedet hatte, war in der Anfangsphase zunächst wenig zu sehen. Timo Hildebrand blieb weitgehend beschäftigungslos, kassierte später aber doch noch sein erstes Gegentor im Schalker Trikot.
Mitte der ersten Halbzeit wurde Pilsen stärker und kam zu immer besseren Chancen, während sich Schalke zurückzog. Zunächst bugsierte Marian Cisovsky einen Schuss des künftigen Wolfsburgers Vaclav Pilar ins Gelsenkirchener Tor, stand dabei aber klar im Abseits (24.). Nur drei Minuten später hatte Schalke Glück, als Daniel Kolar an den Pfosten köpfte (27.). Unsicherheit zeigte Hildebrand, als er nach einer Ecke mit der Faust klären musste.
Nach der Pause zeigte sich Schalke wieder offensiver und verschaffte sich damit mehr Entlastung. Weil sich auch Pilsen keineswegs versteckte, entwickelte sich ein munteres Spiel, allerdings mit einem negativen Höhepunkt: Nach einem Ellbogencheck gegen Geburtstagskind Kyriakos Papadopoulos (der Grieche wurde am Spieltag 20 Jahre alt) sah Bakos "Rot".
In Überzahl präsentierten sich die Schalker fortan allerdings zu zögerlich, spielten ihre Angriffe nicht aus und verschleppten immer wieder das Tempo. Einzig Superstar Raúl (70.) und Huntelaar (85.) kamen noch zu nennenswerten Torchancen. Die mangelnde Chancenverwertung bestrafte Rajtoral mit seinem Volleyschuss zum nicht unverdienten Ausgleich. In der Verlängerung dominierte Schalke dann das Spiel, weil die Gäste die Kräfte verließen. Huntelaar (94.) und der eingewechselte Alexander Baumjohann (97.) verfehlten große Chancen, bevor der "Hunter" traf.