Dabei waren die Bremer durch Hugo Almeida (32.) in Führung gegangen und schienen lange auf dem Weg zum fest eingeplanten Sieg. Der Portugiese drückte eine Kopfballvorlage des Schweden Markus Rosenberg aus kurzer Distanz über die Torlinie. Der griechische Rekordmeister drehte die Partie aber durch Tore von Ieroklis Stoltidis (72.), Christos Patsaoglou (82.) und Darko Kovacevic (87. ).
Vor 37.500 Zuschauern im ausverkauften Weserstadion waren die Gastgeber ohne zu überzeugen lange Zeit die überlegene Mannschaft. Die Hellenen erwiesen sich zwar als unbequemer und schwer zu spielender Gegner, doch taten die Gäste für die Offensive lange einfach zu wenig. Doch auch die Hanseaten konnten nicht an ihre 8: 1-Gala in der Bundesliga gegen Arminia Bielefeld anknüpfen.
Werder-Coach Thomas Schaaf hatte sich kurz vor Spielbeginn endgültig dazu entschlossen, den seit Ende Juli wegen einer Knieverletzung pausierenden Torsten Frings auflaufen zu lassen. Der Nationalspieler enttäuschte zwar nicht, doch war ihm die lange Pause durchaus anzumerken, in Zweikämpfen agierte der 30-Jährige verhaltener als üblich. Ab der 63. Minute kehrte auch der ebenfalls lange an Kniebeschwerden laborierende Tim Borowski in das Team des Bundesliga-Fünften zurück.
Torschütze Almeida hätte durch einen weiteren Treffer für eine frühe Vorentscheidung sorgen können. In der 6. und 53. Minute scheiterte er jeweils freistehend an Olympiakos-Torhüter Antonios Nikopolidis. In der 11. Minute wurde sein gefährlicher Schuss in letzter Sekunde zur Ecke abgeblockt. Aber auch der griechische Meister kam speziell in der Schlussphase zu einigen gefährlichen Attacken und verdiente sich damit durchaus den Sieg.