Der 51 Jahre alte Fußballlehrer hat beim Tabellenschlusslicht einen Vertrag bis zum Saisonende unterschrieben. Gerstner tritt die Nachfolge von Christian Franz-Pohlmann an, der Mitte Februar bei den Zebras entlassen worden war.
"Das ist natürlich eine Herausforderung, aber ich freue mich wirklich und werde 24 Stunden sieben Tage die Woche alles dafür tun, mit den Zebras den Klassenerhalt zu schaffen", sagte Gerstner.
"Mit Thomas haben wir einen erfahrenen Trainer gefunden, der uns in den Treffen und Gesprächen in den vergangenen Tagen überzeugt hat: mit seinem Fachwissen, aber auch mit seiner Art, um noch einmal wichtige neue Impulse zu setzen", sagte MSV-Geschäftsführer Peter Mohnhaupt zu der Verpflichtung.
Gerstner bestritt 19 Bundesliga-Spiele für den FC Homburg sowie 322 Zweitligaspiele für Homburg, Arminia Bielefeld, den VfL Wolfsburg, 1. FC Saarbrücken, Carl Zeiss Jena und den VfB Oldenburg. Als Trainer war er unter anderem für Arminia Bielefeld und Kickers Offenbach verantwortlich. Zuletzt coachte Gerstner die nordkoreanische U19-Nationalmannschaft der Frauen. Erstmals wird Gerstner am 18. März im Heimspiel gegen Werder Bremen auf der MSV-Bank sitzen.