Den Tagessieg musste der Milram-Kapitän als Fünfter allerdings dem Italiener Filippo Pozzato (Liquigas) überlassen, der vor dem Spanier Oscar Freire gewann. "Auch ein fünfter Platz kann sehr wertvoll sein. Ich freue mich riesig, dass ich nach so vielen Jahren mal wieder das Grüne Trikot tragen darf," sagte Zabel, der 32km vor dem Ziel noch ein Defekt am Rad hatte. Mitfavorit Andreas Klöden erreichte im Hauptfeld das Ziel, nachdem er zuvor mit einem Sturz bei Astana-Teamleiter Mario Kummer für eine Schrecksekunde gesorgt hatte. Der letztjährige Tour-Zweite war bei Kilometer 107 in einen Graben gestürzt, konnte aber das Rennen direkt fortsetzen. Doch nach der Zieldurchfahrt wurde er zur Untersuchung ins Krankenhaus gebracht.
Später zu Fall kam auch sein Kapitän Alexander Winokurow, der nach einer Kollision Abschürfungen erlitt und trotz Aufholjagd 1:20 Minute einbüßte.
Bereits zum fünften Mal konnte Prologsieger Fabian Canacellara (CSC) das Gelbe Trikot erfolgreich verteidigen. Der Schweizer Zeitfahr-Weltmeister, der am Dienstag auch die 3. Etappe in Compiegne gewann, hat im Gesamtklassement weiter 33 Sekunden Vorsprung vor Klöden und 35 vor Pozzato. Der Tagessieger triumphierte nach acht Bergprüfungen zwischen Chablis und der alten Römerstadt Autun nach 4:39:01 Stunden und machte damit seine Ankündigung wahr. Im Massenspurt nach 8km langer Abfahrt von der Cote de la Croix de la Liberation setzte er sich vor Ex-Weltmeister Freire (Rabobank), dem Luxemburger Kim Kirchen von T-Mobile Team und Zabel durch.
Dem 37-Jährigen aus Unna reichte der fünfte Platz, um das Grüne Trikot von Belgiens Ex-Weltmeister Tom Boonen zu übernehmen. Achter wurde der Gerolsteiner Stefan Schumacher. Die Fahrt durch das Morvan-Mittelgebirge nutzte der Franzose Sylvain Chavanel für einen erfolgreichen Angriff auf das Bergtrikot seines Cofidis-Teamkollegen Stephane Auge, den er schon beim ersten Anstieg überflügelte. Chavanel hatte 19km nach dem Start im Weinbau-Ort Chablis zusammen mit zwei Begleitern die Offensive gestartet. Das Trio setzte sich schnell vom Peloton ab.
In der Wertung für das rot-weiß-gepunktete Bergtrikot verschaffte sich der 28-Jährige durch den Gewinn von insgesamt sieben Bergwertungen komfortable 37 Punkte. Er überquerte auch als Erster den ersten Tour-Berg 2007 der 2. Kategorie am Haut-Folin. Der zweimalige französische Zeitfahrmeister fuhr mit seinen Begleitern zeitweise über 14 Minuten vor dem Peloton, das bei mäßigem Tempo aber langsam aufholte. Die Fluchtgruppe wurde nach 171km gestellt.