Nach dem 2:1-Erfolg im Hinspiel gewannen die Kroaten, bei denen der ehemalige Duisburger Bundesliga-Profi Georg Koch im Tor steht, auch das Rückspiel im heimischen Stadion mit 3:1 (2:1).
Ognjen Vukojevic (16.) und Tomislav Sokota (22.) brachten die Hausherren schnell auf die Siegerstraße, Dario Zahora (26.) traf für die Gäste, bevor der Brasilianer Sammir (60.) den Endstand herstellte.
In Runde drei hat Werder am 15. August zunächst Heimrecht, das Rückspiel wird am 28./29. August in Zagreb ausgetragen.