Wie der Bundesliga-Absteiger mitteilte, wechselt der tschechische Nationalspieler zum oberbayerischen Ligakontrahenten. Über die Ablösemodalitäten vereinbarten beide Vereine Stillschweigen.
"Das Kapitel war für Tomas beendet. Die Trennung war die sinnvollste Entscheidung", sagte FCN-Trainer Valerien Ismael. Pekhart kam im Sommer 2011 von Sparta Prag zu den Franken. Er erzielte in 88 Ligapartien insgesamt 14 Tore, spielte aber zuletzt keine große Rolle mehr.