Werner steht bei den Landeshauptstädtern seit April 2007 unter Vertrag und gilt als einer der Bauherren, die die Rückkehr der Fortuna in die 2. Bundesliga im Mai vergangenen Jahres verantworteten.
Ebenfalls in die Amtszeit des ehemaligen Bundesliga-Trainers fielen weitere wichtige Erfolge: So gelangen beispielsweise der Umbau der 2. Mannschaft der Rot-Weißen zu einem U 23-Team, das inzwischen in der Regionalliga West spielt. Und auch die U 19 und die U 17 konnten ihre erfolgreiche Rückkehr in die Junioren Bundesliga feiern.
Werner: „Ich sehe bei Fortuna noch großes Potenzial, das man ausschöpfen kann. Die Entwicklung der letzten Monate hat eindrucksvoll unter Beweis gestellt, dass dieser Verein eine reelle Chance hat, sich als Fußball-Standort in Deutschland einen guten Ruf zu erarbeiten. Daran will ich aktiv mitwirken.“