Der 42-Jährige tritt dort die Nachfolge von Dimitar Dimitrow an, der seinerseits eine neue Aufgabe im Ausland sucht.
Balakov, der 1995 und 1997 zu Bulgariens Fußballer des Jahres gewählt wurde und 92 Länderspiele bestritt, führte das Nationalteam 1994 ins WM-Halbfinale. Mit Stuttgart erreichte er 1998 das Endspiel im Europapokal der Pokalsieger (0:1 gegen den FC Chelsea).
Nach seiner Zeit als Assistent des damaligen Stuttgarter Chef-Coaches Felix Magath übernahm er 2006 (bis Mai 2007) hauptverantwortlich den Schweizer Erstligisten Grasshoppers Zürich. Im Oktober 2007 wechselte Balakov schließlich zum FC St. Gallen, wo er seine Tätigkeit im Sommer dieses Jahres beendete.