Der gebürtige Konstanzer unterschrieb bei den "Lilien" einen Vertrag bis zum 30. Juni 2014. "Als Trainer und Sportmanager möchte ich meinen Teil dazu beitragen, die gute Entwicklung der Lilien in den vergangenen Jahren fortzusetzen und den SV 98 in der 3. Liga zu stabilisieren und zu etablieren", sagte Seeberger.
Zuletzt hatte Seeberger die U23 des VfB Stuttgart in der 3. Liga betreut. Ende Oktober hatte er sich mit der Reserve des Bundesligisten auf eine Aufhebung des Arbeitsvertrags geeinigt. Von Januar 2008 bis September 2009 war Seeberger beim Zweitligisten Alemannia Aachen tätig gewesen und hatte den Traditionsverein in der Saison 2008/09 auf den vierten Tabellenplatz geführt.