Der 27 Jahre alte Ex-Junioren-Nationalspieler ist nach Ablauf seines Vertrages bei den Westfalen ablösefrei und erhält auf dem Tivoli einen Zwei-Jahres-Vertrag.
In der abgelaufenen Saison absolvierte Auer 19 Spiele für Bochum und erzielte dabei fünf Tore. Insgesamt kam er für den Karlsruher SC, Borussia Mönchengladbach, den FSV Mainz 05, den 1. FC Kaiserslautern und Bochum auf 87 Spiele in der ersten und 94 Spiele in der 2. Liga.
Er ist der sechste Neuzugang der Aachener nach den Abwehrspielern Timo Achenbach (SpVgg Greuther Fürth) und Lukasz Szukala (1860 München), den Mittelfeldakteuren Andreas Lasnik (Austria Wien) und Florian Müller (1. FC Magdeburg) sowie Stürmer Markus Daun (MSV Duisburg).