Seine Profikarriere startete Nowotny 1991 beim Karlsruher SC und wechselte von dort nach fünf Jahren und 103 Spielen für den KSC zu Bayer Leverkusen. Am 30. April 2002 verletzte sich der Abwehrspieler schwer und verpasste infolgedessen unter anderem die Weltmeisterschaft 2002. Bayer Leverkusen schloss ihn nach einer erfolglosen Klage auf Lohnfortzahlung zunächst für ein Jahr vom Spielbetrieb aus, doch in der Rückrunde der Saison 2005/06 bestritt er zumindest wieder ein Spiel für die Leverkusener.
Unglückliches Kapitel in Zagreb
Im Frühjahr 2006 gab er seinen Abgang von Bayer bekannt, rund ein halbes Jahr später, am 18. Juli, bestätigte Nowotny seinen Wechsel zu Dinamo Zagreb. Aufgrund vieler Verletzungen bestritt der Ex-Nationalspieler jedoch nur zehn Spiele für die Kroaten. Im Januar 2007 wurde sein Drei-Jahres-Vertrag einvernehmlich aufgelöst.
In seiner Bundesligakarriere bestritt er 334 Spiele, erzielte dabei elf Tore und erhielt acht Platzverweise - noch immer Bundesligarekord. Seit 2009 ist Nowotny als Spielerberater tätig.
Nach seinem Karriereende wurde der Abwehrspieler Botschafter des Deutschen Kinderhospizverein e.V.. Diese kümmern sich um Kinder und Familien von der Diagnose bis über den Tor hinaus. Unter anderem fungiert der 38-Jährige auch als Schirmherr von Kidshelp Kambodscha e.V., eines Vereins zur Verbesserung der Lebensumstände von Kindern im Königreich Kambodscha.
Den 12. Spieltag tippt Jens Nowotny folgendermaßen: