In Salzburg erhält der 26-Jährige einen Vertrag bis Juni 2020. "Ich möchte mich auf dem internationalen Fußball-Parkett mit anderen Top-Mannschaften messen und auf nationaler Ebene Titel sammeln. In Salzburg sehe ich diese Chance für mich am ehesten gegeben", sagte Rzatkowski in einem Interview auf der Homepage des Salzburger Clubs.
Für die Kiezkicker bestritt er in den vergangenen drei Spielzeiten 85 Zweitliga-Partien, in denen er auf jeweils zwölf Tore und Vorlagen kam. Rzatkowski sei mit dem Wunsch an den FC St. Pauli herangetreten, "die Chance, die er in Salzburg sieht, gerne nutzen zu wollen", erklärte Sportchef Thomas Meggle. "Die Gespräche mit Salzburg waren sehr konstruktiv, am Ende konnten wir eine gute Lösung für alle Parteien finden."