Präsident Josef Schnusenberg teilte dem 46-Jährigen die Entscheidung in einem "sehr sachlichen und teilweise auch emotionalen Gespräch" am Donnerstagnachmittag mit.
Wie der Tabellenachte bekannt gab, wird der verbliebene Trainerstab Mike Büskens, Youri Mulder und Oliver Reck vorübergehend das Training leiten. Der Niederländer Rutten hatte am Donnerstagmittag nach dem Training verkündet, dass man sich spätestens am Saisonende trennen werde.
Rutten hatte sein Amt erst vor dieser Saison angetreten und besaß einen Vertrag bis zum 30. Juni 2010. Beim niederländischen Meister PSV Eindhoven soll er Top-Kandidat auf den Trainerposten im Sommer sein.