Nach dem 1:1 vor einer Woche im Hinspiel verpassten die Bayern nach einer über weite Strecken desolaten Leistung damit den zweiten Einzug in ein UEFA-Cup-Finale nach dem Titelgewinn 1996 und das erste Finale eines europäischen Wettbewerbs seit dem Champions-League-Triumph 2001. Damit wurde die Begegnung in St. Petersburg auch zu einem bitteren Abschied Oliver Kahns von der internationalen Bühne. Der frühere Nationaltorhüter wird nach der Saison seine Karriere beenden. Für Trainer Ottmar Hitzfeld, der nach der EM die Schweizer Nationalmannschaft übernehmen wird, könnte es das letzte Europacup-Spiel seiner großen Karriere gewesen sein. Mit vier Toren Unterschied verloren die Bayern im Europacup zuletzt beim 2:6 beim FC Kopenhagen im Zweitrunden-Spiel des UEFA-Cups am 23. Oktober 1991.
Die Treffer für die vom früheren Mönchengladbacher Bundesliga-Coach Dick Advocaat betreuten Russen erzielten zweimal Pawel Pogrebnjak (4./73.), Konstantin Sirianow (39.) und Wiktor Fajsulin (53.). Zenit, das in der Gruppenphase bereits auf DFB-Pokalsieger 1. FC Nürnberg getroffen war (2:2) und im Viertelfinale Bayer Leverkusen ausschaltete (4:1 und 0:1), trifft im Endspiel am 14. Mai in Manchester entweder auf den AC Florenz oder die Glasgow Rangers. Pogrebnjak wird dann allerdings traurig auf der Tribüne sitzen und kann sich damit nicht mehr den Titel des alleinigen Torschützenkönigs sichern. Nach seinen beiden Treffern gegen die Bayern kommt der russische Nationalstürmer auf zehn Tore im laufenden Wettbewerb und zog mit Münchens Luca Toni gleich, allerdings kassierte er nach dem 4:0 noch eine unnötige Gelbe Karte und ist im Endspiel gesperrt.
Vor 21.500 Zuschauern im ausverkauften Petrowski-Stadion hatte Hitzfeld wieder auf den im Hinspiel gelbgesperrten Torjäger zurückgreifen können, zudem standen die zuletzt angeschlagen Kahn und Philipp Lahm wieder in der Startelf. Einzig der nach seiner Trainer-Kritik vorläufig suspendierte Willy Sagnol und der langzeitverletzte Hamit Altintop (Mittelfußbruch) standen nicht zur Verfügung.
Zenit hatte weitaus größere Personalprobleme, Advocaat musste allein drei gesperrte Spieler ersetzen, darunter Stürmer-Star Andrej Arschawin. Dennoch spielte der schlecht in die neue Saison gestartete russische Meister gut und schockte die Bayern früh. Nachdem Roman Shirokow in der zweiten Minute einen Schuss von Miroslav Klose noch von der Linie schlagen konnte, war Pogrebnjak zwei weitere Minuten später mit einem direkten Freistoß erfolgreich. Franck Ribery war beim 20-Meter-Linksschuss aus der Mauer gesprungen.
Dank dieses frühen Treffers entwickelte sich ein offener Schlagabtausch. Die Bayern antworteten im ohrenbetäubenden Lärm der euphorischen Zenit-Fans mit wütenden Angriffen, agierten dabei aber wenig durchschlagkräftig und mussten kurz vor und kurz nach der Pause weitere Treffer hinnehmen. Sechs Minuten vor dem Wechsel ließ Sirianow Martin Demichelis ins Leere laufen und ließ Kahn keine Abwehrchance, acht Minuten nach dem Wechsel köpfte Fajsulin nach einer Flanke von Aleksander Anjukow relativ unbedrängt zur Vorentscheidung ein. Bei den Bayern war danach die Moral gebrochen.