Der 43-Jährige erhält einen Vertrag bis zum Saisonende. Thioune hatte das Amt Anfang Oktober vom beurlaubten Joe Enochs übernommen und seitdem drei Niederlagen in vier Spielen erlitten.
Der frühere VfL-Profi hatte die Trainerlizenz 2016 gemeinsam mit Alexander Nouri, Julian Nagelsmann und Domenico Tedesco erworben. Osnabrück ist nach 15 Spielen, in denen nur 13 Punkte gelangen, Vorletzter der Tabelle in der 3. Liga.