Der Mittelfeldspieler erzielte im Derby beim FC Ingolstadt am neunten Spieltag beide Treffer (25. und 41.) zum 2:1 (2:1)-Erfolg und bescherte seiner Mannschaft damit den ersten Auswärtssieg seit dem 16. März diesen Jahres (2:0 beim VfL Osnabrück). Ingolstadt verpasste dagegen den Sprung in die obere Tabellenhälfte.
Ingolstadt legte vor 6571 Zuschauern einen Blitzstart hin, Ersin Demir traf mit seinem siebten Saisontor nach 16 Sekunden zum 1:0. Anschließend dominierte das Team von Trainer Thorsten Fink die Begegnung, doch Valdet Rama (16.) und Vratislav Lokvenc (25.) versagten völlig freistehend die Nerven.
Nach dem Ausgleich, den Werner mit dem Kopf erzielte, bekamen aber die Gäste das Spiel in den Griff. Noch vor der Pause legte Werner per Flachschuss das 2:1 nach, Ingolstadt reagierte geschockt und kam kaum mehr gefährlich vor das Augsburger Tor. Zudem verloren die Gastgeber in der 87. Minute noch Stefan Leitl durch eine Rote Karte nach grobem Foulspiel.