Die Tore für die Thüringer erzielten vor 7500 begeisterten Zuschauern im Ernst-Abbe-Sportfeld am Samstagabend Andre Schembri (50.) und Marco Riemer (56.). Neuzugang Srdjan Lakic gelang nur noch der Anschlusstreffer (78.) für die Gäste. Zu allem Überfluss sah der bis dahin beste Lauterer Axel Bellinghausen die Gelb-Rote Karte (81.).
Der zweimalige Pokalsieger enttäuschte auf ganzer Linie und unterbot die dürftigen Pokalergebnisse seit dem Finale 2003 gegen Bayern München noch, nachdem zuvor als bestes Resultat im Wettbewerb 2005/2006 das Achtelfinale heraussprang. Trainer Milan Sasic ließ zunächst mit nur einer Spitze agieren, in der Offensive tat sich im ersten Durchgang nichts. Beleg war ein Freistoß aus 17 m von Anel Dzaka, der den Ball in rechte Seitenaus drosch.
Jena hingegen war feldüberlegen und nutzte im zweiten Durchgang die Tormöglichkeiten. Schembri war mit einem Heber aus 13 m erfolgreich, Riemer aus dem Gewühl heraus. Als Lauterns Trainer Sasic auf zwei Spitzen umstellte, lief es etwas besser. Lakic traf aus 16 m zum Anschluss. Aus einer guten Jenaer Mannschaft ragten Schembri und Sebastian Hähnge heraus, bei Lautern gefiel bis zu seinem Plazverweis Bellinghausen.