Demnach werden die zugelassenen 54 Vereine der viertklassigen Liga bis auf eine Ausnahme (der BV Cloppenburg wird in der Staffel West und nicht im Norden antreten) gemäß ihrer Regionalverbandszugehörigkeit auf die Staffeln Nord, West und Süd aufgeteilt. Das Präsidium folgte mit der Entscheidung dem Vorschlag des DFB-Spielausschusses.
Die Einteilung der Regionalliga-Staffeln für die Saison 2008/09 im Überblick:
Regionalliga Nord:
Altona 93, Hamburger SV II, Türkiyemspor Berlin, Hertha BSC Berlin II, VfB Lübeck, Holstein Kiel, FC Oberneuland, VfL Wolfsburg II, SV Wilhelmshaven, Hannover 96 II, SV Babelsberg, Energie Cottbus II, Hansa Rostock II, Hallescher FC, 1. FC Magdeburg, FC Sachsen Leipzig, Chemnitzer FC, VfC Plauen Regionalliga West:
BV Cloppenburg, Borussia Dortmund II, SC Verl, Preußen Münster, Schalke 04 II, VfL Bochum II, Sportfreunde Lotte, Borussia Mönchengladbach II, Rot-Weiss Essen, 1. FC Kleve, Bayer Leverkusen II, 1. FC Köln II, Eintracht Trier, Wormatia Worms, FSV Ludwigshafen-Oggersheim, FSV Mainz 05 II, 1. FC Kaiserslautern II, SV Elversberg.
Regionalliga Süd:
Hessen Kassel, Eintracht Frankfurt II, Darmstadt 98, SV Wehen Wiesbaden II, Viktoria Aschaffenburg, Waldhof Mannheim, Karlsruher SC II, 1. FC Heidenheim, SSV Ulm 1846, SSV Reutlingen, SC Freiburg II, SC Pfullendorf, TSV München 1860 II, SpVgg Unterhaching II, Eintracht Bamberg, SpVgg. Greuther Fürth II, 1. FC Nürnberg II, TSV Großbardorf.
