Besonders schlimm erwischte es ihn im November 2002, als er sich beim 5:0-Sieg im DFB-Pokal gegen Borussia Mönchengladbach die Hand brach. Im Krankenhaus klagte er anschließend über Kopfschmerzen. Eine Kernspin-Tomographie brachte die Diagnose Schädelbruch. Es folgten immer weitere körperliche Nackenschläge, die ihn stets zu längeren Pausen zwangen.
Dabei hörte er nicht immer auf den Rat der behandelnden Ärzte in Gelsenkirchen, sondern zog gerne seine Privatmediziner in Südamerika vor. Als er sich im Februar beim 2:0 gegen Hertha BSC ohne gegnerische Einwirkung eine Beschädigung im Kreuzband des linken Knies zugezogen hatte, tauchte er plötzlich nach wenigen Wochen wieder in Schalke auf und meldete sich zur Überraschung des ehemaligen Mannschaftsarztes Dr. Thorsten Rarreck einsatzbereit.
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Der zweifelte, ob Varela jemals wieder dauerhaft Bundesligafußball würde spielen können. Beim 1:0 Erfolg am drittletzten Spieltag gegen Nürnberg stand er tatsächlich ganze drei Minuten auf dem Platz. Mit dem Ergebnis, dass er in der Sommerpause in der Heimat erneut unters Messer musste. "Er hat einen Eingriff am Meniskus seines schon operierten Knies hinter sich. Daher wird Gustavo erst Mitte September, wenn für uns die Champions League beginnt, spielfähig sein", ahnte Mirko Slomka schon im Hochsommer, als Schalke noch Auskünfte über Verletzungen erteilte, dass er wieder einmal auf Varela würde verzichten müssen. Einen Wiedereingliederungs-Versuch vor Beginn der Saison musste er abbrechen. Jetzt haben wir Mitte September und der ewige Patient pendelt weiter zwischen Laufeinheiten und Reha-Zentrum hin und her.
Wie gut ein gesunder Varela Schalke zu Gesicht stehen würde, bewies der dreifache Familienvater in der letzten Saison. Als unermüdlicher Tempomacher hatte er bis zum erneuten Aus maßgeblichen Anteil am sportlichen Höhenflug der Kappen zu Beginn der Rückrunde. Gegenüber RevierSport kündigte der Mittelfeldspieler wiederholt seine bevorstehende Rückkehr ins Mannschaftstraining an. Und sorgt damit für Verwunderung. "Mein Ziel ist es, gegen Bayern München wieder im Kader zu stehen und zumindest auf der Bank zu sitzen", behauptete der Glatzkopf. "Nach seiner Operation ist es fast schon ein Wunder, dass er überhaupt schon wieder zweimal am Tag belasten kann", entgegnet Schalkes Fitnesstrainer Dr. Christos Papadopoulos.
"Aus dem Balltraining lassen wir ihn noch komplett heraus. Er ist erst teilintegriert, absolviert aber noch keine Übungen mit dem Team", wird es laut dem Griechen noch "einige Wochen dauern, bis an einen regulären Spielbetrieb zu denken ist". Varela läuft die Zeit davon, der Vertrag am Ende der Saison aus. Immerhin habe er sich laut Papadoupolos, und das sei ein Fortschritt, "diesmal entschieden, seine Reha hier in Gelsenkirchen durchführen lassen zu wollen". Für die Fortsetzung seiner Karriere auf Schalke ist das wohl zu spät.